曹操斩华佗是因为华佗挑战了曹操的权威。曹操性格多疑，认为华佗今后可能会给自己的事业带来阻碍，于是斩杀华佗。华佗是家喻户晓的医学专家，但他有一种常人无法理解的狂妄。虽然身为医生，还愿意免费为穷人治疗，但是他也有一些怪癖，这引起了曹操的反感。

曹操有一种从小伴随到大的头痛，在事业关键时期，曹操因为头痛变得行为越来越怪异，他的部下寻遍名医也没有找到能治疗这种头痛的医生，此时一名士兵想起了华佗。据传这位神医治好过许多疑难杂症，甚至曾经让陈登喝了几副药，就治好了困扰他许多天的顽疾。当时还有传言认为华佗专门医治疑难杂症，而且药到病除，黄疸病也可以得到医治。在这种情况下，人们找来华佗为曹操看病。

在华佗的治疗下，困扰曹操的疾病很快得到缓解，曹操想要将华佗留在身边作为自己的专属医生，但是华佗并不愿意接受这样的方案。他从小学习医术就是为了解决疑难杂症，还将自己的经验汇集成书，传给自己的弟子，如果留在曹操身边，自己的志向一定会受到影响，于是随便编了一个理由离开了曹操。后来，曹操专门派人查看，发现华佗所言为虚，将华佗逮捕起来，并且判处其死刑。

曾经受到过华佗治疗的臣子为华佗求情，但这并不能让曹操的想法有所动摇，他甚至觉得华佗在挑战自己的权威，这让他处死华佗的决心变得更加坚定。一代神医在这样的情况下被处死。当时宝贵的医学经验以及技术都没有被流传下来，这也导致后续中医的发展受到了一定的影响，但是在当时的历史环境下，华佗被处死也难以避免。